很久以前，在歐魯德朗城曾經爆發一場很嚴重的戰爭，勇者亞朗於是決定藉助世界初始之樹及夢幻的力量來平息戰爭，為了不讓自己的神奇寶貝-路卡利歐跟自己一起犧牲，亞朗於是並將牠封印在權杖內，就這樣過了好幾百年......。小智一行人來到了歐魯德朗城，在這裡正舉辦歌誦勇者亞朗的慶典，他們換上了當地的服裝，小智還在慶典舉辦的比賽中拿到優勝，榮獲勇者亞朗的名號。在當晚，正當大家正沉醉在快樂的舞會時，夢幻卻出現了，並帶走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞會要結束時，亞朗權杖上的封印竟解除了，從裡面出現了路卡利歐，路卡利歐對於亞朗封印自己的事十分不能諒解。這時小勝跑了過來告訴大家夢幻帶走了皮卡丘。十分擔心皮卡丘安危的小智等人，於是並決定在路卡利歐及探險家琪朵小姐的帶領下，前往夢幻所居住的地方-世界初始之樹......